교단 한해 예장 합동은 작년 97회 총회의 연속에 있었다고 해도 과언이 아니다. 유례없던 총회 파행 이후 만들어진 비대위는 활발한 활동 끝에 올해 2월 속회 총회까지 열었다.
합법성 여부를 떠나 전국에서 800여 명의 총대들이 한데 뜻을 모았고, 전 총회장이 현장에서 사과하기까지 이르렀다. 그러나 그 후 분위기는 급반전되어 결국 6월, 비대위는 해산하고 말았다.
그럼에도 봄노회에서 총무와 총회장에게 총회 파행에 대한 책임을 묻는 헌의안이 130개가 넘게 쏟아졌으며, 제98회 총회에서 이 문제를 어떻게 해결할지가 초미의 관심사였다. 9월 총회에서 전 총회장과 관련해서는 사과를 받아들여 전격 용서를 결정했지만, 총무 문제에 대해서는 팽팽하게 의견이 대립됐다.
이밖에도 은급재단 납골당 문제나 아이티 문제, GMS 면직 선교사 문제는 어느 하나 제대로 해결되지 못한 답보 상태다. 다만 절충형 선거제도를 실시하고 헌법이 전면 개정되는 등의 소정의 성과는 거둔 것으로 평가되고 있다.
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교계 2013년 교계는 보수교단들의 WCC부산총회 반대운동과 교회세습반대운동 확산, 동성애 옹호 교과서 반대, 이단사이비 대책 모색 등 보수개혁신앙을 수호하기 위한 대사회적 노력으로 빛난 한해였다.
특히 예장합동 총회를 비롯한 보수교단들은 2013년 한 해 동안 일관되게 WCC총회에 대한 반대운동을 진행했으며, WCC 총회 개막식날 부산벡스코 앞에서 2만5000여 명을 동원해 반대집회를 벌였다. 그러나 한국기독교총연합회는 1월 WCC한국준비위원회와 WCC개최에 협력하겠다는 공동합의서를 발표한데 이어, 9월에는 이를 재확인하는 성명을 발표해 논란을 일으켰다.
이에 더해, 이단의 신분세탁소로 변질된 한국기독교총연합회와 조용기 목사 일가의 교회재산 횡령 문제, 기독교대한감리회의 잇단 파행, 재단법인 한국찬송가공회 재정사용 의혹 등으로 한국교회에 대한 비판이 안팎에서 제기됐다.
또 종교인 과세가 결정돼 찬반 논란이 거셌으며, 국정원 대선 개입 의혹을 둘러싸고 한국교회가 또다시 보수와 진보로 나뉘어 갈등이 증폭되고 있다.