43명의 위원들이 5개 과목에 고루 출제위원으로 참여하게 되며 과목별로 출제 소위원회를 조직해 출제의 효율을 기하고 있다. 출제형식은 과목별 출제 소위원회에 고유 권한이 부여된다.
필답고사 출제는 문제은행 형식을 택하고 있으며, 문제의 최종 선정은 고시 전에 과목별 출제 소위원회에서 확정하도록 하고 있다.
면접과 신앙고백을 제외한 전 과목은 100점 만점으로 채점하며, 필답고사 채점은 고사 당일 실시하되 답안지의 응시자 인적사항을 봉인하여 채점하도록해 특혜시비나 부정채점을 방지하고 있다. 또한 채점관은 매 시험지에 서명을 하도록해 문제가 발생했을 때를 대비해 책임소재를 분명히 하고 있다.
기장(총회장:서정래 목사) 총회 역시 고시위원회에서 고시와 관련된 업무 전반을 총괄하고 있다. 고시위원회는 총회에서 선임한 12명으로 구성되며 임기는 3년으로 매년 3분의 1씩 교체하며, 1차에 한하여 연임할 수 있다.
고시과목은 면접을 포함해 총 12과목으로 비교적 많은 편이며 100점 만점에 60점을 합격점으로 하고 합격된 과목은 6년간 유효하다. 첫 응시한 해를 포함해 7회안에 완전 합격이 안될 경우 응시자격이 상실된다.
신학박사 신학석사 및 한신대학교 대학원에서 기독교교육을 전공한 문학석사 학위를 가진 사람은 교회헌법 목회학 설교학 설교작성 및 설교실연 소면감 및 면접 이외의 과목이 면제될 수 있다.
구두면접과 설교실연은 3인의 시험관을 1조로 하는 것을 원칙으로 하고 전원 합의로만 합격이 결정된다. 출제위원이 채점한 후 시험지를 개봉하고 성적을 집계하는 일은 위원장과 서기가 하도록 규정하고 있다.
합격자 발표는 총회장과 고시위원장 명의로 즉시 해당노회에 통지하고 총회 회보를 통해 발표하도록 하고 있다.
예장고신(총회장:임종만 목사)의 경우는 논문 주해 기록설교 등은 사전에 제출해야 하며, 당일 응시과목은 교회정치 권징조례 예배지침 목회학 설교 등 5과목이다. 구두시험은 필기고사(제출과목 및 당일 응시과목)에 합격한 자에게 성경과 신학과 성직을 지원하는 이유에 대해 문답형식으로 치뤄지며, 이외에도 노회는 공석에서 만족하다고 인정되기까지 다른 방법으로 시험을 치룰 수 있다.
기독교대한성결교회(총회장:이병돈 목사)는 목사고시 응시자격을 총회에서 전도사 승인을 받은자로 정하고 있으며, 구약신학 신약신학 조직신학 역사신학 실천신학 등 5개과목에 대해 필답고사를 실시한다.
고시위원회는 목사안수 25년 이상된 사람중에서 공천부에서 추천한 15명으로 구성되며, 과목당 3명씩으로 출제위원을 조직한다. 출제방식은 문제은행방식을 채택하고 있으며, 응시생의 편의를 위해 참고도서와 필독도서를 미린 선정해 발표한다.