제101회 총회 이후 연구를 계속해온 군목부-군선교회 통합 방식이 결의됐다. 제106회 총회현장에서 총대들은 군목부를 군선교부로 변경하고, 총회군선교회, 군목단, 군선교사회와 협의해 군선교 업무를 진행하기로 한 안을 통과시켰다.
제101회 총회는 군선교 관련 기관 통합 헌의에 대해 군목부, 군선교사회, 군선교회 임원들에게 연구를 지시했다. 이후 회기 연장을 거듭한 후, 지난 제105회 총회에서는 ‘총회선교회와 군목부를 총회군선교회로 통합의 건은 제106회 총회부터 시행할 수 있는 세부안을 제출하도록’ 군목부에 지시했다. 이에 군목부(부장:최상호 목사)는 이번 회기 동안 군목부와 군선교회 통합과 관련해 다양한 의견을 수렴한 결과 현재의 군목부 명칭을 군선교부로 변경하되 기존의 군선교회 군목단 군선교회의 조직과 활동을 그대로 유지하는 첫 번째 안과, 군목부를 폐지하고 가칭 총회군선교회를 조직하는 두 번째 안 등 2가지 안을 제106회 총회에 상정했다.
그 결과 결의된 첫 번째 안은 기존 군선교회 군목단 군선교사회의 조직과 활동을 그대로 유지하고 각 분야별로 특수한 역할을 더 충실하게 감당하도록 한다는 것으로, 총회와 전국 교회에 적극적인 후원과 협조를 요청하기가 유리하다는 의견이 받아들여진 것이다. 총대들의 찬성을 얻어 이 안이 통과됨에 따라, 규칙부에서 현재의 총회 규칙(제9조 12항) ‘군목부는 군목 후원 및 군전도에 관한 일을 한다’는 총회규칙을 ‘군선교부는 군목후보생을 양성하고 군목과 군선교사를 파송 후원하며 총회군선교회와 군목단과 군선교사회와 협의하여 군선교에 대한 업무를 진행한다’로 수정하는 절차가 남아있다.