2012년 2월 개강을 앞두고 신대원 교수들을 대학 등으로 보직변경한 것은 무효라는 법원 판결이 또 나왔다. 서울고등법원 제1민사부는 8월 16일 김지찬 교수가 제기한 소속변경발령무효확인(2013나2002977) 소송에 대해, 지난 2월 소속변경발령이 무효라고 판결한 1심의 결론은 정당하다며 재단이사회의 항소를 기각했다.
총신 재단이사회는 2012년 2월 21일 총신대 역사상 처음으로 신대원 교수와 대학 학부 교수들을 교환 배치하는 인사를 단행했다. 개강을 불과 일주일 앞두고 전격적으로 진행된 인사발령에 대해, 당시 학내 문제와 연관해 재단이사회와 불편한 관계에 있던 몇몇 교수를 사실상 징계한 것이라는 지적이 제기됐다. 그러나 재단이사회는 교수 교환배치는 이미 예정됐던 일이라며 의혹을 일축했다.
재단이사회의 항변에도 불구하고 법원은 교수들의 보직변경이 문제가 있다고 판결을 내리고 있다. 당시 보직변경이 된 신대원 교수 중 정훈택 교수는 퇴직했고, 일부 교수는 신대원으로 복귀했다.
그러나 김지찬 이한수 교수는 대학과 목회신학전문대학원 소속으로 재직하고 있다. 김 교수와 이 교수는 보직변경의 부당성을 주장하며 법원에 제소했다. 법원은 지난 1월 1심판결에 이어 이번에도 김지찬 교수의 손을 들어줬다. 이한수 교수 역시 지난 5월 소속변경 무효 판결을 받았다.
2심에서도 패소한 재단이사회는 정당한 인사조치였음을 강조하며 계속 소송을 진행하기로 했다. 재단이사회는 8월 22일 회의를 열고 서울고등법원 판결에 대해 항고하기로 결의했다. 결국 교수보직변경에 대한 문제는 대법원에서 결정될 것으로 보인다.