한기총 변화발전위원회(위원장:최성규 목사, 이하 위원회)의 개혁안이 한기총 실행위원회는 커녕 임원회석상에서 거부당해, 무위로 돌아갈 처지에 빠졌다. 한기총 임원회가 변화발전위원회가 내놓은 한기총 정관 선거규정 시행세칙 등의 내용에 문제가 있음을 지적하고 새로운 검토위원회를 조직하기로 했기 때문이다.
2년 전 한기총 개혁특위(위원장:한영훈 목사)가 개혁안을 내놓았을 때 임원회에서 통과됐으나 실행위원회에서 부결된 것과 비교해볼 때 당시보다 더 큰 저항에 부딪힌 것으로 해석된다. 임원회 전만해도 위원회의 안은 통과될 것이란 낙관론이 흘러나왔다. 위원회가 임원회에 앞서 기자회견을 통해 밝힌 것보다 많은 수정을 가했기 때문이다. 특히 대표회장 후보순번제를 장로교와 비장로교로 구분하지 않고 순전히 교세에 따라 가군(7000교회 이상 교단), 나군(7000교회 미만 2000교회 이상 교단), 다군(2000교회 미만 모든 교단)으로 한 변경안을 내놨다.
그러나 개혁안에 대한 교단들의 거부감은 예상보다 거셌다. 대표회장 선거를 실행위원회에서가 아니라 정기총회에서 한다는 점이 먼저 도마에 올랐다. 총회 대의원이 모두 구슬을 뽑아 그날의 색깔 구슬을 뽑은 1/3만이 투표를 하게 한다는 점은 기본권을 제한할 소지가 있다는 점에서 논란이 된다는 지적이 당장 나왔다. 위원회의 취지는 누가 투표할지를 모르게 함으로 금권 과열 선거를 막겠다는 것이었으나 임원들의 지지를 얻어내지 못했다. 대표회장 임기를 유예기간 3년간(2012년까지)은 1년으로 하고, 4년째부터는 2년 단임으로 하자는 제안에 대해서도 현행대로 하자는 반대의견이 나왔다. 혹시 리더십이 부족한 대표회장이 선임될 경우, 2년은 오히려 길게 느껴질 수 있다는 것이었다.
대표회장 후보가 되려면 소속 총회의 추천을 받아야 한다는 후보자격 규정도 문제시됐다. 이전 정관에 의하면 대표회장 후보가 되려면 소속 교단 또는 소속단체의 추천을 받으면 됐는데 개혁안에 따르면 상대적으로 소속단체의 권리가 줄어들게 되기 때문이다. 한기총 개혁안은 대표회장 선거에서 금권 선거를 줄이는 데는 기여할 것으로 기대됐다. 또 위원회 관계자들은 한기총 소속 교단 및 단체 관계자들을 설득하기 위해 많은 노력을 기울였다. 그럼에도 불구하고 대표회장 선거라는 한기총 최대의 관심사에 얽힌 교단들의 기득권의 벽을 넘기에는 역부족이었던 것으로 평가됐다. 더불어 한기총의 개혁안이 자칫 특정교단과 특정 인사를 의도적으로든 그렇지 않든 배려할 가능성이 있었다는 우려도 한몫 한 것으로 알려졌다.