코로나19로 인해 국내 교회들도 힘들었지만 사실 더욱 어려운 처지에 놓인 것은 해외에서 사역하는 선교사와 가족들이었다. 대부분의 선교지에서 국내보다 훨씬 더 많은 확진자들이 발생했으며 의료시설마저 열악해 선교사들은 큰 위험에 노출됐다. 한국교회로부터의 후원금이 축소되거나 끊겨 사역의 발은 묶였으며 현지인들의 놀림이나 폭력에 노출된 상황에 처했다.
가중되는 위험들 때문에 지역에 따라서는 현지에 머물기보다 한국으로 귀국하는 것이 장기적인 선교를 위해 필요한 것으로 판단됐다. 총회세계선교회(GMS)도 선교사와 가족들의 대량철수가 불가피하다고 예상하고 재빠르게 코로나19대책상황실을 가동시켰다. 대책상황실은 전국교회들의 협력을 얻어 귀국 선교사들이 머물 수 있는 숙소를 마련했으며 각종 편의를 제공하면서 선교사 가족의 안전을 도모했다. 이사회 차원에서도 3차례에 걸친 긴급생활비를 선교사들에게 지급하면서 선교사들이 어려움 가운데 최소한의 사역을 이어갈 수 있도록 했다. 그럼에도 불구하고 지난 5월 선교사 가운데 최초로 재미 김철직 선교사가 감염돼 사망했고 적잖은 수의 선교사와 가족들이 확진 판정을 받아 고통당했다.
11월 5일 현재 귀국한 선교사와 그 가족은 796명으로 전체 선교사의 16%에 육박했다. 코로나19로 인한 선교사 철수는 선교사는 선교지를 떠나서는 안된다는 고정관념에 변화를 가져다주었다. 위기상황에 대비해서 선교사들에게 육체적 정신적인 보호를 해줄 수 있는 위기상황실의 상시 운영이 효과적이라는 깨우침을 주었다. 교회개척 위주의 선교사역 방향에 대해 반성하게 됐고, 평신도 전문인 선교와 국내 외국인 디아스포라 사역의 필요성에 눈을 뜨게 했다.