70년의 대한민국 군선교의 군종역사 가운데 1972년 5월 전군신자화후원회가 설립되어 백낙준 목사가 초대회장으로 취임하였다. 그리고 1974년 한경직 목사가 2대 회장에 취임한다. 이후 1976년 군복음화후원회로 명칭을 바꾼 전군신자화후원회는 한경직 목사가 초대회장에 취임했고 1988년 곽선희 목사가 초대 이사장에 취임하였다. 이후 1994년 현재 사용하는 한국기독교군선교연합회로 개칭되어 2018년 현재까지 42년, 반 세기 가까운 세월을 달려오고 있다. 주지할 사항은 이런 한국기독교군선교연합회는 1988년 10월 27일 곽선희 목사가 초대이사장에 취임하여 현재까지 30년간 단독 이사장직을 수행하고 있다.
1대 사무총장은 1986년~2006년까지 통합 출신 제14대 육군군종감을 역임한 예비역 육군대령 문은식 목사가 20년간 수행하였다. 이어 2006년 3월부터 제2대 사무총장직을 맡은 제12대 공군군종감 출신 예비역 공군대령 이학수 목사 역시 통합교단으로 현재까지 13년째 사무총장직을 수행하고 있다. 이렇게 통합측 일색의 이사장 및 사무총장직 수행의 배경이 통합 교단의 군선교 지원이 타교단에 비해 지대했기 때문임은 만인공지의 사실이다. 하지만 현 이사장과 사무총장의 연령과 두 직의 장기 사역을 고려한다면 인적 자원의 쇄신이 시급히 요청되는 상황이다. 동일 교단, 동일 인물의 동일 자리 사역으로 인한 창의적 역동적 업무 추진의 약점이 노출되고 있다. 특히 각 교단의 균형적 선교 정책을 수립하고 추진하는 데 그 한계를 드러내고 있다. 이래서는 안 된다.
사무총장직의 경우, 현 이학수 사무총장은 연무대 군인교회가 완공되는 금년 9월을 기점으로 거취 표명이 예상되는 가운데 또 다시 통합측 인사 등용이 우려되면서 초교파 연합군선교 사역의 대표적 기관인 한국기독교군선교연합회의 단독 인사천거와 등용이 큰 문제점으로 대두되고 있다. 군선교연합회 법인이사회를 통해 이사장과 사무총장이 선임되는 체제이긴 하나, 차제에 한국기독교군선교연합회는 한 교단의 전담 사역터의 개념에서 벗어나 순번제 교단 안배와 최근 급속히 변화된 재정 기여도에 따른 교단으로의 합리적 인사배치가 요청된다.
이를 위해 교단 내 인적자원 발굴과 군선교연합회를 향한 교단 이름 하의 공식적 요구가 필요할 때다. 아울러 효과적 군선교전략 수립을 위한 교단 내 군선교전략연구 시스템 운영이 요청된다.